Un tip de ADN marker, generate de digestie ADN genomic, cu două enzime de restricţie a crea multe fragmente de ADN, ligatura secvenţe specifice de ADN (numit şi adaptoare) la capetele acestor fragmente, amplificare de fragmente prin PCR (folosind un set de grunduri cu secvențe corespunzătoare adaptoare, plus diverse combinaţii aleatorii de trei baze suplimentare la sfârşitul), şi vizualizarea de fragmente prin electroforeză în gel. PCR va amplifica orice fragment al căror secvenţă se întâmplă pentru a începe cu oricare din baza de trei secvente din setul de grunduri. AFLPs au avantajul important că multe markeri pot fi generate cu relativ puţin efort. Sunt un mijloc foarte util de cuantificarea în măsura de a diversităţii genetice în interiorul şi între populaţii. Lor dezavantaj major este faptul că acestea nu sunt specifice pentru un anumit locus şi, deoarece acestea sunt marcate ca prezenţa sau absenţa de o trupa, heterozygotes nu pot fi distinse de homozygotes, adică, acestea sunt moştenite în mod dominant.